据湖南省靖州县、麻阳县纪委反映，《行政许可法》自实施以来，一些行政执法部门在日常执法过程中遇到了一些新问题。一是对公共场所、特种行业的管理控制能力受到影响。由于一些原有的"许可"、"不许可"行为都被撤消或修改，部门在日常执法过程中碰到许多"不习惯"或"难下手"的问题。如旅馆业住宿登记方面，以往公安机关履行审批、验审等手续，对住宿人员登记情况掌握得比较清楚，取消上述手续后，出现了旅馆不向当地派出所传送住宿人员登记情况或传送不及时、不全面等现象。二是执法部门对群众的要求难统一。新法对审批期限作出了明确的规定，要求行政执法机关对老百姓的申请事项不能一拖再拖，或者一拖了事。但在实际执法过程中，执法部门对政府与群众之间的不同要求难平衡，如征土拆迁中出现的户口异常转移等实际操作过程中，如公安部门特别一些基层派出所对群众的要求难以统一。三是如何界定行政许可还是行政管理行为存在疑惑。政府部门在执法和管理中，对是适用“行政执法”还是“管理服务”存在一些疑惑，如卫生防疫部门工作人员对检验、检测市场产品的日常监督管理行为属于行政许可行为还是行政管理行为不解；税务工作人员对税收减免或应征收费用的减免是否属于行政许可行为产生疑问。四是群众对行政许可法片面理解，给执法带来困难。一些媒体在宣传行政许可法时没有从正确的角度，使部分群众片面认为行政许可法是对政府的限制，政府现在不敢处罚、罚款，对政府执法不满就是要行政诉讼，向法院起诉。在执法过程中，难度明显加大，一些群众抵制甚至与执法人员对抗的事件明显增多。如税务部门对个体户核定税款时常常遇到个体户以“程序不当、无适用法规”为由拒绝接受。